こんにちは。

練馬を他のリネームツールと組み合わせて使用しています。

フィルタの方は、初期状態から登録されているのですが。マクロは登録して保存しても
次回起動したときに再度登録しないと使用できません。

一度登録したら再度登録せずに済ますにはどうしたら良いのでしょうか。

特に何もせずに設定保存されるはずですが、パソコン環境（OS）は何を使ってますか？。
Vista以降でUACが有効な環境で Program Files 配下にインストールしていませんか？。
練馬は実行ファイルと同じフォルダにあるiniファイルに設定を保存しているので
UACによる制限でiniファイルの更新ができなくなっているのかもしれません。
私はXP以前の環境では Program Files 配下にインストールしていますが
最近買ったWindows7の環境では Programs という別の名前でフォルダを作って
その配下にインストールしています。

環境は Windows2000, XP, 7です。何れも、C:\BIN\NERIMA4U,C:\BIN\NERIMA4
といった風にしています。

今まで、再インストールする時にファイル名を全部大文字にしてから立ち上げ
ていたことに気づきました。これが原因な気がします。